La mayor parte de la evolución de las angiospermas sucedió mientras los continentes Norteamericano y Sudamericano estuvieron bastante separados. Desde el Cretáceo temprano, unos 80-90 millones de años A.C. hasta 3-5 millones de años A.C. los continentes estuvieron aislados, aunque pudo haber un intercambio florístico mínimo a lo largo de la cadena de islas que hoy en día constituyen las Antillas Mayores. Cuando la conexión se restableció, inicialmente como una cadena de islas volcánicas entre el núcleo de Centroamérica, terminando en lo que en la actualidad es el norte de Nicaragua, y Sudamérica, dos floras marcadamente distintas, la laurásica en el norte y la gondwánica en el sur, empezaron a mezclarse. Centroamérica, y quizás Nicaragua en particular, se encuentra en un interesante punto de unión fitogeográfico de estas floras del norte y del sur. Las floras respectivas han migrado y se han mezclado desde la formación del istmo, pero las barreras geográficas y climáticas han dejado patrones florísticos diferenciados.
Muchos elementos florísticos sudamericanos de las tierras bajas tienen su límite septentrional en las pluvioselvas de la esquina suroriental del país. Entre éstos se incluyen: Campnosperma (Anacardiaceae), Duguetia (Annonaceae), Heteropsis (Araceae), Iriartea, Pholidostachys, Socratea (Arecaceae), Prioria (Caesalpiniaceae), Cochliostema (Commelinaceae), Pausandra (Euphorbiaceae), Dipteryx (Fabaceae), Roucheria (Hugoniaceae), Sacoglottis, Vantanea (Humiriaceae), Aniba (Lauraceae), Lecythis (Lecythidaceae), Potalia (Loganiaceae), Stryphnodendron (Mimosaceae), Otoba (Myristicaceae), Minquartia (Olacaceae), Rustia, Warszewiczia (Rubiaceae), Angostura, Conchocarpus, Galipea (Rutaceae) y Herrania (Sterculiaceae). Otros géneros tienen una distribución que se extiende a los bosques muy húmedos del este de Guatemala e inclusive llegan hasta Veracruz en México, pero muchos otros apenas si llegan a los bosques muy húmedos de las tierras bajas de Panamá o Costa Rica; las sabanas más secas de pinos del este de Nicaragua y Honduras son claramente una barrera importante de migración para los elementos florísticos sudamericanos de las tierras bajas.
El segundo patrón fitogeográfico más importante es el número de elementos florísticos laurásicos que alcanzan su límite meridional en las montañas altas de la parte norcentral del país. Entre éstos se encuentran Beaucarnea, Manfreda (Agavaceae), Carpinus (Betulaceae), Liquidambar, Molinadendron (Hamamelidaceae), Corallorhiza (Orchidaceae), Pinus (Pinaceae), Photinia (Rosaceae), Megastigma (Rutaceae), Aphananthe (Ulmaceae) y Discocnide (Urticaceae). Un área de elevación baja relativamente vasta, la Depresión de San Juan, sólo con volcanes recientes que sirvieron de conexión con las montañas de Costa Rica, ha sido una importante barrera para la migración hacia el sur de los elementos florísticos norteamericanos. Claro que, algunos grupos septentrionales, como Agave (Agavaceae), Donnellsmithia (Apiaceae), Sambucus (Caprifoliaceae), Quercus (Fagaceae), Juglans (Juglandaceae), Maianthemum (Liliaceae), Monotropa (Monotropaceae), Hauya (Onagraceae), Chimaphila (Pyrolaceae), Thalictrum (Ranunculaceae), Bouvardia (Rubiaceae), Styrax (Styracaceae), Symplocos (Symplocaceae) y Ulmus (Ulmaceae), han llegado hasta Costa Rica y Panamá, e inclusive hasta los Andes de Sudamérica.
En cuanto al patrón opuesto, de plantas andinas que migran hacia Norteamérica a lo largo de las altas elevaciones, no existe una barrera natural entre Nicaragua y el norte de Centroamérica y pocos géneros tienen su límite septentrional en las tierras altas de Nicaragua. Algunos ejemplos de géneros marcadamente meridionales presentes en las elevaciones altas de Nicaragua y hacia el norte incluyen a Prestoea (Arecaceae), Brunellia (Brunelliaceae), Weinmannia (Cunoniaceae), Gunnera (Gunneraceae), Gaiadendron (Loranthaceae), Ugni (Myrtaceae), Restrepiopsis (Orchidaceae), Podocarpus (Podocarpaceae) y Roupala (Proteaceae).
Hay una flora muy distinta de las áreas secas y bajas desde el noroeste de México hasta el noroeste de Costa Rica, que hasta cierto grado cruza hacia la vertiente caribeña en el Istmo de Tehuantepec en México y en el Valle de Motagua en Guatemala. Esta flora tiene orígenes tanto laurásicos como gondwánicos, pero está especializada en estos hábitats áridos y semiáridos y es, en cierto grado, indígena. Entre estos géneros se incluyen Cascabela (Apocynaceae), Labidostelma, Polystemma, Prosthecidiscus (Asclepiadaceae), Espejoa (Asteraceae), Astianthus (Bignoniaceae), Amoreuxia (Bixaceae), Garcia, Gymnanthes (Euphorbiaceae), Ramirezella (Fabaceae), Amphipterygium (Julianiaceae), Grajalesia (Nyctaginaceae), Agdestis, Ledenbergia, Stegnosperma (Phytolaccaceae), Podopterus (Polygonaceae), Bdallophytum (Rafflesiaceae), Crusea (Rubiaceae) y Guaiacum (Zygophyllaceae). Existe un nivel de endemismo relativamente alto entre estos géneros, pero muchos se encuentran en otras áreas, especialmente en las partes áridas del Caribe.
La mitad norte de la vertiente atlántica de Nicaragua está dominada por sabanas de pinos donde el drenaje es pobre y por bosques húmedos en suelos mejores. La flora de las sabanas, en particular, tiene muchos taxones ampliamente distribuidos en hábitats similares en la cuenca caribeña, especialmente en Florida (Estados Unidos de Norteamérica), Belice, el sur de Honduras, el noreste de Nicaragua, el norte de Sudamérica y en las Antillas. Tanto los taxones laurásicos como los gondwánicos se encuentran bien representados en este tipo de vegetación. El endemismo a nivel genérico no es común, pero varias especies se encuentran restringidas a este tipo de vegetación. Ejemplos incluyen especies de Acoelorraphe (Arecaceae), Bulbostylis, Rhynchospora (Cyperaceae), Cyrilla (Cyrillaceae), Drosera (Droseraceae), Eriocaulon (Eriocaulaceae), Alophia (Iridaceae), Genlisea (Lentibulariaceae), Spiranthes (Orchidaceae), Pinus (Pinaceae), Andropogon, Tripsacum (Poaceae), Angelonia (Scrophulariaceae) y Xyris (Xyridaceae).
En la Tabla 1 se resume la distribución al nivel de especies individuales, sin tomar en cuenta el origen histórico de las familias ni de los géneros a los que pertenecen. Este análisis incluye solamente las especies que definitivamente se conocen de localidades definidas en Nicaragua, por lo tanto los números difieren en parte de las estadísticas presentadas en otras partes del texto. La distribución de las especies dentro de Nicaragua y la distribución general de las especies son las dadas por los autores de los tratamientos de la Flora. Mesoamérica está definida de acuerdo a la Flora Mesoamericana, generalmente desde el istmo de Tehuantepec hasta la frontera entre Panamá y Colombia. Mesoamérica Central incluye El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica. Las categorías de "distribuidas hacia el sur" y "distribuidas hacia el norte" se refieren simplemente a la simetría de la distribución; por ejemplo una especie que se encuentra desde Guatemala hasta Argentina se considera distribuida hacia el sur, mientras que especies que se encuentran desde el norte de México hasta Nicaragua se consideran distribuidas hacia el norte. La categoría de "ampliamente distribuidas" incluye tanto a especies ampliamente distribuidas así como a aquellas con distribuciones más o menos simétricas. Cabe anotar que las especies también se pueden encontrar en Nicaragua en más de una zona y por lo tanto los totales no son simples sumas de las zonas. También se debe mencionar que los niveles de endemismo en la tabla no son acumulativos y así, por ejemplo, el 17.6% del número total de especies reconocidas en la Flora son endémicas de Mesoamérica.