Por Peter M. Jørgensen

El Catálogo sigue los sistemas taxonómicos de Tryon y Tryon (1985) para los helechos y plantas afines, Cronquist (1981) para las dicotiledóneas y Dahlgren et al. (1985) para las monocotiledóneas. Las abreviaturas de los autores de los géneros y especies es de acuerdo a Brummitt y Powell (1992); este índice también se usó para estandarizar los colectores (apellido completo con las iniciales de acuerdo a Brummitt y Powell, 1992). Las siglas de los herbarios siguen Holmgren et al. (1990).

El nombre de la familia se da con el del autor y persona que revisó el tratamiento. Ocasionalmente, cuando la familia ha sido subdividida en tribus o géneros el autor se da bajo cada género. Para cada familia se proporciona el número de géneros, especies y especies endémicas. Estos números incluyen todos los taxones aceptados, es decir, nativos, introducidos y esperados. Los géneros se encuentran con el número de especies aceptadas y endémicas. Las especies aceptadas se presentan en negrita cursiva y han sido confirmadas por una cita bibliográfica o por uno o más especímenes de herbario, uno de los cuales se cita. Se ha intentado citar la bibliografía más relevante y se consultaron los herbarios AAU, F, GB, MO, NY, QCA, QCNE, S y US (la mayoría en parte). Si el tipo del nombre aceptado es del Ecuador, entonces también se lo cita.

Los sinónimos aparecen en cursiva después del nombre aceptado; no hay referencias cruzadas, es decir, que no hay entradas por separado para los sinónimos. Se proporciona un índice para todos los sinónimos. Los sinónimos que aparecen en la Flora of Ecuador no se repiten a menos que hayan cambiado desde su publicación. Para las familias que aún no han sido publicadas en la Flora of Ecuador, se han intentado citar la sinonimia "relevante"; relevante en este caso se refiere a todos los nombres publicados con material ecuatoriano y los nombres que han sido usados en los especímenes de los herbarios consultados. Los basiónimos o los nombres nuevos siempre se listan como sinónimos.

La referencia a la Flora of Ecuador está indicada como "Fl. Ec." seguida por el volumen, página, número y año. El autor y el año de la publicación se usan para otras referencias usadas en la evaluación del taxón. Estas referencias generales se citan para dar mayor información acerca de la especie y/o la justificación para incluirla en el Catálogo.

Los taxones infraespecíficos aceptados que se encuentran en el Ecuador están listados; no se ha hecho entradas por separado ni tampoco se las ha incluido en el índice ni se las ha contado en el Catálogo. Se proporciona información acerca del hábito, origen, región y elevación. En muchos casos esta información es incompleta debido a la falta de conocimiento. El sistema usado para registrar el hábito es mas bien pragmático. Se lo diseñó para que sea lo más simple posible, de manera que todas las especies tengan un hábito y las clases usadas están de acuerdo a la información que aparece con más frecuencia en las etiquetas de los especímenes. Los tipos de hábito son hierba, subarbusto, arbusto, arbolillo, árbol, trepadora, liana, epífita, parásita, hemiepífita, acuática, saprófita o una combinación de éstos.

El origen se dividió en endémico, nativo, cultivado e introducido; éstos se combinan a veces, por ejemplo, introducido y cultivado. Endémico se considera aquí como restringido al territorio ecuatoriano.

Las regiones usadas son Galápagos, Costa, Andina y Amazónica. Galápagos incluye a todas las islas del archipiélago de Galápagos. Las regiones de la Costa y Amazónica están definidas como las áreas bajo 1000 m de elevación al oeste y al este de los Andes, respectivamente. La región Andina está definida como el área del Ecuador continental sobre 1000 m.

La elevación fue dividida en zonas de 500 m, en la mayoría de casos indicada con los límites inferior y superior. Las distribuciones de elevación disyuntas están indicadas por dos rangos de elevación, por ejemplo, 0–1000 m y 2000–2500 m.

La distribución en las provincias ecuatorianas se recopiló de la bibliografía y de los especímenes de herbario. Las provincias están listadas en orden alfabético, de acuerdo a su nombre completo, y se usaron las siguientes abreviaturas: Azuay = AZU, Bolívar = BOL, Cañar = CAÑ, Carchi = CAR, Chimborazo = CHI, Cotopaxi = COT, El Oro = ORO, Esmeraldas = ESM, Galápagos = GAL, Guayas = GUA, Imbabura = IMB, Loja = LOJ, Los Ríos = RIO, Manabí = MAN, Morona-Santiago = MOR, Napo = NAP, Pastaza = PAS, Pichincha = PIC, Sucumbíos = SUC, Tungurahua = TUN, Zamora-Chinchipe = ZAM.

Un espécimen representativo se cita para cada especie, excepto cuando el material tipo fue colectado en el Ecuador; entonces tanto el tipo como un espécimen adicional se citan. Los especímenes se citan usando el nombre del colector y el número de colección, seguidos por las siglas del herbario. El criterio usado par seleccionar un espécimen fue que sea representativo para la especie en el Ecuador y que esté distribuido en varios herbarios, incluyendo de preferencia un herbario ecuatoriano. Un signo de exclamación indica que el espécimen ha sido visto por el autor (res) o los editores. Cuando no se pudo localizar material ecuatoriano de una especie, la justificación para su inclusión es la bibliografía citada o una nota.

Nombres mal interpretados o nombres dudosos se encuentran en corchetes. La línea de notas explica si un nombre es dudoso o fue mal interpretados. Se incluyó una nota para información adicional. También se incluyeron notas a nivel genérico, por ejemplo, cuando el número estimado de especies difiere considerablemente del número documentado.

Para este Catálogo se hizo el esfuerzo de incluir todas las especies descritas y publicadas para el Ecuador hasta el primero de octubre de 1998. Desde esa fecha y la fecha de publicación del Catálogo la inclusión de especies nuevas descritas no es completa, debido al inevitable rezago entre la preparación del manuscrito y su publicación definitiva.